این دانشگاه در پی فرمان تاریخی 6 فروردین ماه 1365 حضرت امام خمینی (ره) مبنی بر لزوم رسیدگی به امور فرهنگی و تحصیلی فرزندان شهدا، آزادگان، مفقودان و جانبازان انقلاب اسلامی و جنگ تحمیلی برای ایجاد عرصه آموزشی و تحقیقاتی لازم در سطح عالی، در مهرماه 1369 ، با پذیرش 165 نفر دانشجو در 7 رشته تحصیلی (پرستاری، مامایی ،علوم تربیتی ،علوم اجتماعی، روانشناسی، ریاضی و نقاشی) فعالیت خود را آغاز کرد.

دانشگاه شاهد با 5437 دانشجو در 68 رشته (1 رشته در مقطع دکترای تخصصی Ph.D ، دو رشته در مقطع دکترای حرفه‌ای، 28 رشته در کارشناسی ارشد و 37 رشته در مقطع کارشناسی) در 8 دانشکده: پزشکی، دندانپزشکی، پرستاری و مامایی، علوم انسانی، علوم پایه، فنی و مهندسی، علوم کشاورزی و هنر و یک مرکز آموزش‌های غیر حضوری به فعالیت خود ادامه می‌دهد.

اهداف کلی دانشگاه شاهد:

• تامین امکانات آموزشی و تربیتی برای فرزندان شاهد
• فراهم آوردن زمینه‌های لازم برای تقویت بنیه علمی آن عزیزان
• افزایش کیفیت آموزشی دانشگاه با تاکید بر تربیت کادر کارشناس و بالاتر
• توجه به تحقیقات و بخصوص تحقیقات کاربردی و سازماندهی مراکز تحقیقاتی خصوصا" در دوره های کارشناسی ارشد و بالاتر
• توسعه آموزش‌های آزاد، نیمه حضوری و آموزش‌های شبانه در راستای پاسخگویی به نیازهای جامعه